【2026年最新版】オンライン診療システムの費用相場まとめ｜初期費用・月額利用料・手数料など全コストを解説

オンライン診療を導入する際、多くのクリニックが最初に気になるのがオンライン診療の費用です。オンライン診療では、通常の対面診療とは異なり、診療を行うためのシステムを利用する必要があります。そのため、医療機関側にはシステム利用料が発生し、場合によっては患者様側にもシステム利用料や送料などの費用がかかります。

この記事では、オンライン診療システムの費用構造を整理し、医療機関側・患者様側それぞれの費用の内訳や相場について詳しく解説します。オンライン診療システムの費用を全体像から理解したい方は、ぜひ参考にしてください。

まずは、オンライン診療システムにかかる費用の全体像を把握しておきましょう。システムの費用相場は、以下のとおりです。

費用項目	相場・目安
初期費用	平均：約78万円　中央値：約27.5万円
月額利用料	平均：約2.2万円/月　中央値：約1万円/月
診療ごとのシステム利用料	300～2,000円/回程度
患者向けシステム利用料	中央値：600円　平均：約891円
決済手数料	決済額の3～4％程度
薬の送料	500～1,000円程度

※厚生労働省「令和6年度調査結果（速報）概要」（令和7年5月22日）および各オンライン診療システム公開情報をもとに当社作成。診療ごとのシステム利用料・決済手数料・送料は一般的な相場を記載しています。

オンライン診療システムの費用内訳

オンライン診療システムの費用は、大きく次の4つの要素で構成されています。

・初期費用
・月額利用料
・診療ごとのシステム利用料
・決済手数料

これらの組み合わせによって、実際の導入コストが決まります。

医療機関側の費用

まず、クリニックなど医療機関が負担する費用について見ていきます。

初期費用

初期費用とは、オンライン診療システムを導入する際に発生する費用です。主に以下のような作業に対して発生します。

・アカウント発行
・システム設定
・院内システムとの連携
・導入サポート
・操作説明

この初期費用は、導入するオンライン診療システムや導入方法によって大きく異なります。

厚生労働省の調査によると、オンライン診療システム導入にかかる初期費用の目安は次の通りです。初期費用：平均値 約78万円　中央値 約27.5万円

出典：厚生労働省　「令和6年度調査結果（速報）概要」（令和7年5月22日）

もっとも、実際の導入費用は公開価格だけでは判断できないケースも多くあります。オンライン診療システムの中には、料金を「要見積もり」としているサービスも多く、導入規模や連携するシステムの内容によって費用が変わる場合があります。

また、近年はクラウド型サービスの普及により、初期費用を無料にしているシステムも増えています。その代わり、月額料金や診療ごとの手数料に費用が上乗せされているケースもあります。このように、初期費用が低く見えても、運用コスト全体では別の料金モデルになっている場合があるため、導入前には総費用を確認することが重要です。

月額利用料

月額利用料は、オンライン診療システムを継続的に利用するための基本料金です。システムの管理画面や診療機能などを利用するための費用として、毎月発生します。月額料金には、主に次のような機能が含まれていることが一般的です。

・予約管理
・ビデオ診療
・オンライン問診
・患者情報管理
・管理画面

厚生労働省の調査によると、オンライン診療システムの月額利用料の目安は以下の通りです。月額利用料：平均値 約2.2万円　中央値：約1万円

出典：厚生労働省　「令和6年度調査結果（速報）概要」（令和7年5月22日）

ただし、月額料金の設定もサービスによって大きく異なります。月額費用を無料にし、診療ごとのシステム利用料や決済手数料で収益を得る料金モデルを採用しているサービスもあります。そのため、単純に月額費用が安ければよいというものではなく自院にあったものを選びましょう。

さらに注意したいのが契約条件です。オンライン診療システムの中には、最低契約期間が設定されているものもあり、半年や1年などの契約縛りがある場合があります。途中解約の場合に違約金が発生するケースもあるため、料金だけでなく契約条件も含めて確認することが重要です。

診療ごとのシステム利用料

オンライン診療システムの中には、診療1回ごとにシステム利用料が発生する料金モデルを採用しているものがあります。これはオンライン診療を実施する際に必要となる各種機能の利用料として設定されているものです。

具体的には、次のような機能の利用に対して費用が発生するケースがあります。

・ビデオ通話機能
・予約管理
・オンライン決済
・患者情報管理

料金の設定方法はサービスによって異なりますが、一般的には1診療あたり300円〜2,000円程度、または診療費の数％といった形で設定されることが多くなっています。

また、こうしたシステム利用料は医療機関側が負担する場合もあれば、患者様側に「システム利用料」として請求される場合もあります。

厚生労働省の調査によると、システム利用に係る費用を患者様から徴収している医療機関は約29％にとどまっています。一方で、実際に徴収している場合の金額は、中央値で600円、平均では約891円となっています。

出典：厚生労働省　「令和6年度調査結果（速報）概要」（令和7年5月22日）

このように、オンライン診療システムの費用は月額料金だけでなく、診療ごとの利用料によっても大きく変わります。特に診療件数が増えるほど総コストに影響するため、導入を検討する際には月額費用とあわせて確認しておくことが重要です。

決済手数料

オンライン診療では、診療費や薬代の支払いをオンラインで行うため、クレジットカード決済などのキャッシュレス決済が利用されるケースが一般的です。そのため、決済サービスを利用する際の手数料が発生します。

決済手数料の目安は、一般的に3〜4％程度とされています。例えば、診療費が5,000円の場合、決済手数料は150〜200円程度になる計算です。

この決済手数料は、オンライン診療システムの料金に含まれている場合もあれば、Stripeなどの外部決済サービスを別途契約して支払うケースもあります。また、決済方法や契約内容によって手数料率が変わることもあるため、導入時には決済手数料の扱いについても確認しておくことが重要です。

オンライン診療では診療ごとに決済が発生するため、診療件数が増えるほど決済手数料も増加します。そのため、月額料金だけでなく、こうした手数料を含めた総コストを把握しておくことが大切です。

患者様側の費用

オンライン診療では、医療機関側のシステム費用とは別に、患者様側にも一定の費用が発生する場合があります。対面診療と基本的な診察料の考え方は同じですが、オンライン診療特有の費用が加わるケースもあります。

代表的なものとして、システム利用料や薬の送料などがあります。

システム利用料

オンライン診療システムによっては、患者様側にシステム利用料が設定されている場合があります。これはオンライン診療を利用する際のシステム運用費として設定されているものです。

具体的には、次のようなサービスの利用に対する費用として設定されることがあります。

・オンライン診療の予約
・ビデオ通話による診察
・診療システムの利用

料金は医療機関やシステムによって異なりますが、一般的な相場としては0円〜2,000円程度となるケースが多く見られます。なお、前述の厚生労働省の調査では、システム利用料を患者様から徴収している医療機関は約29％にとどまり、徴収額の中央値は600円程度となっています。

薬の送料

オンライン診療では、診察後に処方された薬を自宅へ配送するケースがあります。その場合、薬の配送にかかる送料が患者様負担となることがあります。

送料の目安は500円〜1,000円程度が一般的です。

ただし、配送方法や地域、配送業者によって料金が変わる場合があり、クリニックによっては送料を無料としているケースもあります。

このように、オンライン診療では診察料以外にもいくつかの費用が発生する可能性があります。そのため、患者様にオンライン診療を案内する際には、システム利用料や送料などの追加費用について事前に説明しておくことが重要です。

オンライン診療システムの料金モデル

オンライン診療システムの料金体系は、サービスによって異なりますが、大きく分けると次の3つのモデルに分類できます。クリニックの診療件数や運用方法によって適したモデルが変わるため、それぞれの特徴を理解しておくことが重要です。

月額型

月額型は、毎月一定の利用料金を支払う代わりに、診療ごとの手数料が低く設定されている料金モデルです。システムの基本機能を安定した費用で利用できるのが特徴です。

オンライン診療の件数が多いクリニックでは、診療ごとの手数料が低い方が総コストを抑えられるため、このモデルが適している場合があります。特にオンライン診療を積極的に活用している医療機関では採用されることが多い料金体系です。

従量課金型

従量課金型は、月額費用が低い、あるいは無料で利用できる代わりに、診療ごとにシステム利用料や手数料が発生するモデルです。

初期費用や固定費を抑えやすいため、オンライン診療をこれから導入するクリニックや、診療件数がまだ少ない段階の医療機関に向いています。一方で、診療件数が増えると手数料の総額が大きくなる可能性があるため、将来的な利用規模も考慮して検討する必要があります。

ハイブリッド型

ハイブリッド型は、月額料金と診療ごとの手数料の両方が発生する料金モデルです。現在、多くのオンライン診療システムがこの形式を採用しています。

月額料金で基本機能を利用しつつ、診療ごとに一定の手数料が発生する仕組みになっているため、固定費と従量費のバランスを取りやすいのが特徴です。そのため、診療件数がある程度安定しているクリニックにとっては、比較的導入しやすい料金体系といえます。

オンライン診療システムの費用が変わる要因

オンライン診療システムの料金は、提供される機能や連携するシステムの内容によって大きく変わります。

シンプルなビデオ診療機能のみを備えたものもあれば、予約・問診・決済・電子カルテ連携などを一体化したシステムもあり、搭載機能によって費用や運用のしやすさが異なります。

機能	内容の例	システムによる違い
オンライン診療	オンラインで診察を行う	Zoom連携型・ブラウザ型・アプリ型など
予約管理	予約受付・スケジュール管理	外部予約連携型と一体型がある
オンライン決済	診療費のキャッシュレス決済	クレジットカード・後払い対応など
問診機能	診察前の情報収集	テキスト中心・画像送信対応など差がある
電子カルテ連携	二重入力防止・業務効率化	対応カルテや連携範囲が異なる
LINE連携	LINE上で予約・連絡を行う	LINE完結型か通知のみかで差がある
自動応答・チャット機能	患者様からの問い合わせ対応	問い合わせ対応や案内の自動化
リマインド機能	予約忘れ・無断キャンセル防止	SMS・LINE・メールなど
薬配送管理	処方薬配送との連携	配送サービスとの連携範囲が異なる

特に、電子カルテ連携やLINE連携などは、追加開発や外部サービスとの連携が必要になるため、費用に影響しやすいポイントです。

オンライン診療システム選びで重要なこと

オンライン診療システムは、価格だけでなく、対応している機能や連携範囲によって使いやすさや運用効率が大きく変わります。例えば、電子カルテ連携によって情報管理や業務効率化を行えるものや、LINE連携によって予約から診療までをスムーズに行えるものもあります。

一方で、システムによっては、

• 専用アプリのダウンロードが必要
• 予約・問診・決済が別管理
• リマインド配信や患者対応が手作業になる

など、運用負荷が大きくなるケースもあります。

反対に、予約・問診・決済・患者様対応まで一体化されているシステムでは、受付負担の軽減や業務効率化につながる場合があります。このように、オンライン診療システムは単純な価格だけでなく、「どこまで業務を効率化できるか」によっても費用対効果が大きく変わります。導入時には、自院の運用体制や必要な機能を整理したうえで、総合的に比較・検討することが重要です。

出典

厚生労働省　「令和6年度調査結果（速報）概要」（令和7年5月22日）

よくある質問（FAQ）

オンライン診療システムの初期費用はいくらですか？

初期費用は平均約78万円、中央値は約27.5万円で、システムや導入内容によって大きく異なります。

オンライン診療システムの費用は何で決まりますか？

初期費用・月額料金・診療ごとの利用料・決済手数料の組み合わせで決まります。

月額型と従量課金型はどちらが良いですか？

診療件数が多い場合は月額型、少ない場合は従量課金型が適しています。

オンライン診療システムは安いものを選べばいいですか？

費用だけでなく、機能や運用のしやすさを含めた総コストで判断することが重要です。

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